Письме Минфина России от 11.07.2008 № 03-04-06-01/194 сказано, что расходы, оплаченные по счётчикам, не признаются доходом самозанятого.
Например, вы сдали квартиру за 40 тысяч рублей и договорились с арендатором, что он будет переводить вам деньги за воду и электричество. В июле в получили 40 тысяч рублей + 2 тысячи рублей. Налог вы платите только с 40 тысяч рублей.