В таком случае можно зарегистрироваться через веб-версию приложения "Мой налог": по логину и паролю, полученному в ФНС, либо по учетной записи Госуслуг.
После регистрации в веб-версии самозанятый сможет пользоваться приложением. Вход осуществляется по номеру телефона.